Penyusunan Sekuen Genom Bulian (Eusideroxylon zwageri Teijsm & Binn) Secara De Novo Menggunakan Teknologi NGS Generasi Tiga MinION Oxford Nanopore

Panjaitan, Yabes God Anugrah (2022) Penyusunan Sekuen Genom Bulian (Eusideroxylon zwageri Teijsm & Binn) Secara De Novo Menggunakan Teknologi NGS Generasi Tiga MinION Oxford Nanopore. S1 thesis, Universitas Jambi.

	Text SKRIPSI FULL TEXT.pdf Restricted to Repository staff only Download (2MB)
	Text COVER..pdf Download (20kB)
	Text HALAMAN PENGESAHAN.pdf Download (362kB)
	Text BAB I.pdf Download (16kB)
	Text BAB V.pdf Download (7kB)
	Text DAFTAR PUSTAKA.pdf Download (145kB)
	Text Abstrak,.pdf Download (11kB)

Abstract

ABSTRAK Bulian dengan nama popular kayu besi atau kayu ulin dan secara ilmiah disebut sebagai Eusideroxylon zwageri (E.zwageri) merupakan jenis kayu keras yang tersebar di Sumatera Selatan, kepulauan Bangka Belitung, dan seluruh wilayah Kalimantan. Kebutuhan masyarakat terhadap kayu E.zwageri sangat tinggi mengingat kayu E.zwageri adalah salah satu spesies penting dalam kontruksi kayu di Indonesia. Kayu E.zwageri banyak digunakan untuk membuat furnitur, kusen jendela, pintu, atap, jembatan kereta api, kapal, tiang penyangga, konstruksi perahu, pagar dan dalam beberapa kasus E.zwageri juga dapat diekstrak sebagai obat kulit (Irawan, 2005). Saat ini keberadaan E.zwageri banyak mengalami penurunan karena banyaknya aktivitas penebangan E.zwageri di alam yang didasari pada permintaan pasar yang tinggi (Suharja dan Jumani, 2017). Dalam rangka mempertahankan keberadaan E.zwageri telah dilakukan kegiatan penanaman secara ex-situ dan pemuliaan pohon. Pemuliaan pohon merupakan sebuah upaya untuk meningkatkkan perbaikan genetik dalam arti peningkatan hasil, baik secara kualitas dan kuantitas. Guna mendukung kegiatan pemuliaan pohon dalam rangka menyelamatkan eksistensi E.zwageri maka diperlukannya informasi sumber daya genetik, yang dapat dilakukan dengan melakukan serangkaian kegiatan sekuensing menggunakan alat MinION Oxford Nanopore. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi sekuens whole genome atau partial genome yang kemudian digunakan untuk merekonstruksi pohon kekerabatan genetik E.zwageri. penelitian terdiri dari beberapa tahapan, tahapan isolasi DNA, tahapan sekuensing dan tahapan analisis bioinformatika. Hasil sekuensing menunjukkan DNA yang berhasil tersekuensing berukuran 11 Gb dengan genom kloroplas contig 5010 sebesar 96.872 bp dan contig 4357 sebesar 99.929 bp. Hasil analisis kekerabatan filogenetik dengan marka ndhF menunjukan kekerabatan genetik E.zwageri terdekat dengan genus Cryptocarya sedangkana analisis filogenetik dengan marka matK menunjukkan kekerabatan E.zwageri terletaka satu clade dengan genus Neocinnamomum, Neolitsea dan Cassytha. Kata Kunci : Eusideroxylon zwageri,Sekuensing, MinION, matK, ndhF ABSTRACT Bulian with the popular name of ironwood or ironwood and scientifically referred to as Eusideroxylon zwageri (E.zwageri) is a type of hardwood that is spread in South Sumatra, the Bangka Belitung archipelago, and throughout Kalimantan. The communitys need for E.zwageri wood is very high considering that E.zwageri wood is one of the important species in wood construction in Indonesia. E.zwageri wood is widely used to make furniture, window frames, doors, roofs, railway bridges, ships, support poles, boat construction, fences and in some cases E.zwageri can also be extracted as a skin medicine (Irawan, 2005). Currently, the presence of E.zwageri has decreased a lot due to the large number of E.zwageri logging activities in nature based on high market demand (Suharja and Jumani, 2017). In order to maintain the existence of E.zwageri, ex-situ planting and tree breeding activities have been carried out. Tree breeding is an effort to increase genetic improvement in terms of increasing yield, both in quality and quantity. In order to support tree breeding activities in order to save the existence of E.zwageri, genetic resource information is needed, which can be done by carrying out a series of sequencing activities using the MinION Oxford Nanopore tool. This study aims to obtain whole genome or partial genome sequence information which is then used to reconstruct the genetic kinship tree of E.zwageri. The research consisted of several stages, stages of DNA isolation, sequencing stages and stages of bioinformatics analysis. The sequencing results showed that the DNA that was successfully sequenced was 11 Gb in size with the chloroplast genome contig 5010 of 96,872 bp and contig 4357 of 99,929 bp. The results of the phylogenetic relationship analysis with the ndhF marker showed the closest genetic relationship of E.zwageri to the genus Cryptocarya, while the phylogenetic analysis with the matK marker showed that the E.zwageri relationship was in the same clade with the Neocinnamomum, Neolitsea and Cassytha genera. Keywords : Eusideroxylon zwageri,Sekuencing, MinION, matK, ndhF

Type:	Thesis (S1)
Uncontrolled Keywords:	Eusideroxylon zwageri,Sekuensing, MinION, matK, ndhF
Subjects:	L Education > L Education (General)
Divisions:	Fakultas Pertanian > Kehutanan
Depositing User:	PANJAITAN
Date Deposited:	21 Sep 2022 03:08
Last Modified:	21 Sep 2022 03:08
URI:	https://repository.unja.ac.id/id/eprint/39854

Actions (login required)

View Item